衰老
与其它充电电池不同，锂离子电池的容量会缓慢衰退，与使用次数无关，而与温度有关。机制是内阻逐渐升高，所以，在工作电流高的电子产品更容易体现。
回收率较高
大约有1%的出厂新品因种种原因要回收。
不耐受过充
过充电时，过量嵌入的锂离子会永久固定于晶格中，无法再释放，可导致电池寿命缩短。
不耐受过放
过放电时(电压小于3.0V时放电)，电极脱嵌过多锂离子，可导致晶格坍塌，从而缩短寿命。
电池成本较高
重要表现在正极材料LiCoO2的价格高（Co的资源较少），电解质体系提纯困难。
不能大电流放电
由于有机电解质体系等原因，电池内阻相对其他类电池大。故要求较小的放电电流密度，一般放电电流在0.5C以下，只适合于中小电流的电器使用。
要保护线路控制
过充保护：电池过充将破坏正极结构而影响性能和寿命；同时过充电使电解液分解，内部压力过高而导致漏液等问题；故必须在4.1V-4.2V的恒压下充电；
过放保护：过放会导致活性物质的恢复困难，故也要有保护线路控制。
错误使用存在安全隐患
由于锂离子电池组成物质非常活跃，若使用错误将会出现电解液分解、燃烧甚至爆炸的重大事故。
低温性能低
低温下电池性能明显恶化，放电平台下降、输出功率减小、可用电量衰减等。
其他缺点
排气孔、隔膜一旦激活，将使电池永久失效。不同放电倍率对电池的可用容量影响较大。