一、电解质的形态不同是关键
虽然外形和内部结构有所不同，但是这两种电池的原理基本相同。两种电池都有正极、负极以及电解液，正极材料一般为钴酸锂、镍钴锰酸锂（三元材料）、磷酸铁锂或锰酸锂等，负极材料一般为石墨，电解液则为六氟磷酸锂溶液。
作为目前市场上两种主流的动力锂电池，18650锂离子电池和锂聚合物软包电池按外壳封装材质而区分。18650锂离子电池一般是钢外壳封装（18表示直径为18mm，65表示长度为65mm，0表示为圆柱形电池），内部电极片与隔膜的结构是卷绕式。锂聚合物软包电池外包装使用的是铝塑膜，内部电极片与隔膜是层叠式（一层一层堆叠起来）。
二者重要的差别在于电池内部材料之一电解质的形态不同：锂聚合物软包电池内部的电解质采用的是聚合物，一般为凝胶或者固态，而18650锂离子电池内部的电解质一般是液态。
二、各有优缺点，应用领域不同
18650锂离子电池和锂聚合物软包电池各有优缺点。目前，18650锂离子电池生产自动化程度高，电池的一致性、安全性均达到了较高水准，加上电池本身体积小、重量轻，使其在系统开发的模块化以及标准化程度上均具有独特优势。很多人认为，采用18650锂离子电池作为新能源电动汽车的动力之源，在现阶段是更优的选择。
与18650锂离子电池相比，锂聚合物软包电池单体容量较高，而且具有可薄形化、任意面积化与任意形状化等优点（可以制作出0.33mm、0.50mm等型号的超薄电池），其重要缺点在于一致性较差、机械强度差。基于锂聚合物软包电池的特点，锂聚合物软包电池正越来越多地被用在手机、笔记本电脑、移动电源等领域。但是，由于胶体（或固态）电解质的导电性不太好，内阻较大，锂聚合物软包电池现在很少应用在电动汽车上。
但是，18650锂离子电池也有无法回避的缺点，那便是单体容量较低（普遍在2~4Ah左右）。这让18650锂离子电池在应用时所需的电池数量非常多，保持电芯一致性、电池散热的电池管理系统也更为复杂。