转化率高
燃料动力电池发电不受卡诺循环的限制。理论上,它的发电效率可达到85%～90%,但由于工作时各种极化的限制,目前燃料动力电池的能量转化效率约为40%～60%。若实现热电联供,燃料的总利用率可高达80%以上。由于燃料动力电池结构和发电原理的特殊性，燃料动力电池的能量转化率是迄今为止热效率最高的发电单元。
污染小
燃料动力电池燃烧时,二氧化碳的排放量比热机过程减少40%以上，大大缓解了地球的温室效应。另外,由于燃料动力电池的燃料气在反应前必须脱硫,而且按电化学原理发电,没有高温燃烧过程,因此几乎不排放氮和硫的氧化物,减轻了对大气的污染。
比能量高
液氢燃料动力电池的比能量是镍镉电池的800倍,直接甲醇燃料动力电池的比能量比锂离子电池(能量密度最高的充电电池)高10倍以上。目前,燃料动力电池的实际比能量尽管只有理论值的10%,但仍比一般电池的实际比能量高很多。
噪音污染小
燃料动力电池结构简单,运动部件少,工作时噪声很低。不会造成很多的噪音而影响环境。
材料广泛
关于燃料动力电池而言,只要含有氢原子的物质都可以作为燃料,例如天然气、石油、煤炭等化石产物,或是沼气、酒精、甲醇等,因此燃料动力电池非常符合能源多样化的需求,可减缓主流能源的耗竭。
可靠性高
无论处于额定功率以上过载运行或低于额定功率运行,它都能承受且效率变化不大。由于燃料动力电池的运行高度可靠,可作为各种应急电源和不间断电源使用。
易于建设
燃料动力电池具有组装式结构,安装维修方便,不要很多辅助设施。燃料动力电池电站的设计和制造相当方便。